Ο Ματθαίος Φραντζεσκάκης γεννήθηκε και μεγάλωσε στα Χανιά. Σπούδασε Μαθηματικά στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Έχει παρακολουθήσει σεμινάρια και επιμορφωτικά σεμινάρια στη δημοσιογραφία, τη διοίκηση πολιτιστικών οργανισμών και την κοινωνική οικονομία, καθώς και στον κινηματογράφο. Είναι εκπαιδευτικός από το 1995. Έχει εργαστεί σε εκδόσεις, ραδιόφωνο και τηλεόραση. Από το 2002 είναι διευθυντής του Πολιτιστικού Οργανισμού Κρήτης και του εκδοτικού οίκου Πυξίδα της πόλης, που εξέδιδε την ομώνυμη πολιτιστική εφημερίδα. Ασχολείται με τον κινηματογράφο και τη δημιουργία ταινιών από το 2000, ιδιαίτερα με την εκπαιδευτική του διάσταση. Έχει συμμετάσχει στην παραγωγή σημαντικών ταινιών ντοκιμαντέρ, εκπαιδευτικών ταινιών, βιβλίων, καθώς και στον συντονισμό πολλών δημόσιων εκδηλώσεων. Έχει συνυπογράψει το σενάριο της ταινίας ντοκιμαντέρ «Άλλος Δρόμος Δεν Υπήρχε Άλλος Δρόμος», 2009, σε σκηνοθεσία Σταύρου Ψυλλάκη. Το 2018 ερεύνησε και έγραψε το σενάριο για το ντοκιμαντέρ “Flowers Fade Early“, το οποίο συν–σκηνοθέτησε. Έχει επίσης σκηνοθετήσει τις μικρού μήκους ταινίες «Άστρικας 1945, Η τελευταία μάχη», «Η αρχαία ελιά», «Μαρίκα, γιατί φοβάσαι». Έχει διευθύνει την παραγωγή περίπου 100 εκπαιδευτικών ταινιών και έχει εκδώσει 130 βιβλία. Είναι διευθυντής του Φεστιβάλ Κινηματογράφου Χανίων.